Das heutige Weingut, Weinberge und Kellerei wurde 1880 zu einem Zentrum des Weinbaus und der Weinherstellung. Während des ersten Booms des Napa Valley als amerikanisches Weinland lieferten die Pionierwinzer aus dem Napa nicht nur San Franciscos Weinkeller, sondern exportierten auch Wein landesweit und gewannen bereits Goldmedaillen auf der Pariser Weltausstellung von 1889.

Auch während der Prohibition (1919?1931), als die Weinproduktion in den USA verboten war, wurden die Ländereien ohne Unterbrechung als Ort des Weinanbaus genutzt. John Shafer, ein Chicagoer Verlagsleiter, erwarb die Immobilie 1972 und bepflanzte sie in den 1970er Jahren mit Cabernet Sauvignon und drückte dem Weingut im wahrsten Sinne seinen Stempel auf. 1978 begann er mit der Vollzeit-Weinherstellung und produzierte den ersten legendären Cabernet Sauvignon des Weinguts. Er gewann das renommierte San Francisco Vintners Club Tasting und zehn Jahre später eine internationale Blindverkostung in Deutschland gegen Größen wie Château Margaux, Château Latour und Château Palmer. 1983 stieß sein Sohn Doug Shafer als Winzer zum Team. Im folgenden Jahr schloss sich Elias Fernandez als Assistenzwinzer an.

In den folgenden Jahrzehnten prägte das Team den Hillside Select und den charakteristischen Shafer-Stil. 1994 wurde Elias zum Winzer ernannt und 2002 zum "Winzer des Jahres" von Food & Wine. Im folgenden Jahr wurde er im Weißen Haus als "Führungspersönlichkeit in der Latino-Gemeinschaft" geehrt. Heute feiert Elias Fernandez 40 Ernten auf dem Weingut und ist mittlerweile Chief Winemaker und verantwortlich für die 80 Hektar erstklassige Weinberge.

Shafer Vineyards ist als eines der gefeierten historischen Weingüter des Napa Valley bekannt, das Jahr für Jahr Weine produziert, die weltweit unvergessliche Momente schaffen. Als aktuelle Verwalter schöpfen sie Inspiration aus fast 150 Jahren leidenschaftlicher Vorgänger, die das Potenzial des Ortes erkannten, ihn sorgfältig pflegten und seine Schönheit für zukünftige Generationen nachhaltig bewahrten.